Создаешь файл script.js, который содержит js функции
function name1(elem) {
}
function name2(elem, elem2) {
}Далее в шапке сайта (head.php) прописываешь<script type="text/javascript" language="javascript" src="http://site.ru/js/script.js"></script>А уже потом где надо делаешь вызов функции например так:1 <a href="javascript:name1('value')">Ссылка</a>
2 <a href="#" onclick="name2('value', 'value2')">Ссылка</a>