а зачем тебе двойной див footer?
делай как сказал Koenig. это в head.php (без последней строки)
echo '<script type="text/javascript" src="/incfiles/script/time.js"></script>';а это куда надо. как я понял ты выводишь в див footer, поэтому немного переписал
строку
echo '<script type="text/javascript">document.write(\'Нашему сайту уже: <br/>дней: <b>\' + Math.floor(d) + \'</b> часов: <b>\' + h + \'</b><br/>мин: <b>\' + m + \'</b> сек: <b>\' + s + \'</b>\');</script>';