ОМГ. Вы сначала попробуйте на шаблонах пописать, а потом обсирайте. Это очень удобно, особенно если будете делать обновление. К примеру нужно поменять логику скрипта, но вывод не трогать, вот сам скрипт изменил, и дал обнову, а шаблон не трогал - и тебе лучше и заказчику (особенно если он шаблон под себя делал). Так что не надо гнать херню что это плохо. Это очень даже хорошо, попробуйте для начала на нем писать проэкты, а потом делайте выводы.
Кто там об админах говорил? Какая разница обычному админу (не кодеру) как устроен скрипт? Он все-равно будет через админку все делать и видеть только GUI. После того как я попробовал шаблонизатор + MVC то возвращатся к той каше (все в одном) нет ни малейшего желания. А на скорость работы это не особо влияет, вы лучше сам скрипт оптимизируйте чем грешить на шаблоны, 2-3 инклуда шаблонов погоды не строят. Я говорю о нативном шаблонизаторе, смарти и твиг это отдельная тема.