В общем делаешь таким макаром там где нужно, в енд, хеадере и тд.
if (file_exists($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] .'/theme/'.$set_user['skin'].'/end.php')) {
include_once $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/theme/'.$set_user['skin'].'/end.php';
} else {
// тут стандартные выводим если ноги в папке с темай отсутствует
}