Большинство Гуев могут сами генерировать SSH ключи, но я привел пример чисто консольный, 100% совместимый с GIT и генерируемый именно им. Эти же ключи вы можете использовать и под Linux и вообще без Гуя, если пользуетесь только консолью.
А вот к примеру Putty ключи (которые генерируют большинство Windows Гуев) Вы на Linux уже не используете, один х-рен на основе их придется генерить другие, совместимые.
Так почему же сразу не сгенерировать настоящие, совместимые ключи? Зачем какие-то извращения?