Simba, я же написал ниже. или непонятно?)
во-первых ты посмотри сколько файлов в корне. конфиги, линты и прочая дичь. у меня в фронт проекте нет такого, даже близко.
во-вторых достаточно открыть индексный файл, чтобы понять, что... понять, что ничего не понятно)) какой-то контейнер фэктор, эмейл сендер, какие-то проверки на что-то))) куда делать инкапсуляция? разве ооп не для этого придумали? а как же солид, драй и т.д
в третьих, давайте посмотрим в папку систем. зачем там хтакес?) почему там композер пхар?
возвращаясь к корню, то каким-то макаром там папка дата??)) может бы будем какую-то иерархию соблюдать?
папка модулес вообще живет в отдельной экосистеме от самой системы, хотя папка систем под боком))
в общем, я бы мог еще долго перечислять все минусы и недостатки, но не буду.
я по фану могу накидать концепт, просто смеха ради упростить то, что решили усложнить.